Głównym mankamentem takich agencji jest słabe zaplecze pozycjonujące. Doprowadza to do znikania sklepu w wynikach wyszukiwania, zwłaszcza jeśli chodzi o long tail, czyli wyszukiwanie niszowych fraz złożonych z kilku słów, np. - Pozycjonowanie google - Pozycjonowanie skuteczne - Pozycjonowanie stron - Pozycjonowanie reklama - Pozycjonowanie - Pozycjonowanie strony - Pozycjonowanie stron internetowych - Pozycjonowanie oferta